Jovianus tiếp tục việc rút lui bắt đầu bởi Julianus và, ông liên tục bị quấy nhiễu bởi người Ba Tư, ông đã buộc phải ký kết một hiệp ước hòa bình về các điều khoản nhục nhã. Đổi lại sự an toàn của mình, ông đã đồng ý rút khỏi năm tỉnh La mã mà được chinh phục bởi Galerius năm 298, phía đông của sông Tigris, mà Diocletianus đã sáp nhập và cho phép người Ba Tư chiếm pháo đài của Nisibis, Castra Maurorum và Singara. Người La Mã cũng phải giao lại quyền lợi của họ ở Vương quốc Armenia cho người Ba Tư và nhà vua Thiên chúa giáo của Armenia, Arshak II, phải trung lập trong cuộc xung đột trong tương lai giữa hai đế quốc và buộc phải nhượng một phần của vương quốc của mình cho Shapur. Hiệp ước này được coi như một sự ô nhục và khiến cho Jovianus mất sự ủng hộ của dân chúng.

Sau khi đến Antioch, Jovianus đã quyết định vội vàng tới Constantinopolis để củng cố vị thế chính trị của mình ở đó.

Ông mất ngày 17 tháng 2 năm 364 với một triều đại chỉ có tám tháng. Trong thời gian trở về Constantinopolis, Jovianus đã được tìm thấy chết trên giường trong lều của ông tại Dadastana, ở khoảng giữa Ancyra và Nicaea. Cái chết của ông đã được quy cho ăn quá nhiều nấm hoặc nhiễm độc khí carbon monoxide độc hại của một đám cháy than củi.

Jovianus được chôn cất trong nhà thờ của các thánh tông đồ ở Constantinopolis.